Die übliche Darstellung molekularer Orbitale als Überlagerung atomarer Orbitale ist ungefähr richtig, außer bei stark korrelierten Elektronensystemen. Dort entstehen Effekte, die Standardmodelle nicht erfassen und zu unerwarteten elektronischen Eigenschaften selbst in einfach scheinenden Molekülen führen.
Molekulare Orbitale entstehen durch die Wechselwirkung der Elektronenwellenfunktionen benachbarter Atome, was die Energie und Verteilung der Elektronendichte im Molekül bestimmt. Die übliche Beschreibung nennt bindende und antibindende Orbitale, deren Energieauflösung durch konstruktive oder destruktive Interferenz erklärt wird und die Stabilität des Moleküls beeinflusst. Dieses Bild gilt nur eingeschränkt, wenn starke elektronische Korrelationen oder Mehrfachbesetzungen vorliegen, die das einfache Modell überlagern. In Systemen mit Übergangsmetallen etwa, wo d-Orbitale beteiligt sind, treten häufig Anomalien auf: Elektronische Zustände können stark gemischt sein und nicht klar in bindend oder antibindend eingeteilt werden. Solche Effekte zeigen sich besonders bei Temperaturen unterhalb von ungefähr 100 Kelvin, wenn quantenmechanische Kopplungen dominanter werden. Die Strukturen dieser Orbitale hängen wesentlich von den Kernabständen ab; schon kleine Änderungen können die Energieaufspaltung drastisch verändern. Auch Wechselwirkungen zwischen Elektronenspins spielen eine Rolle und sind in vielen Standardmodellen zu kurz gekommen, was zu Fehlinterpretationen der magnetischen Eigenschaften führt. Das einfache MO-Modell reicht manchmal nicht aus, um Reaktivität oder Spektren korrekt vorherzusagen; damit wird die Annahme einer unabhängigen Elektronenbewegung infrage gestellt.
Die Verteilung der Elektronendichte in molekularen Orbitalen ist streng genommen keine reine Eigenschaft einzelner Orbitale, sondern ergibt sich aus der multielektronischen Wellenfunktion des gesamten Systems, die das MO-Modell nur ungefähr beschreibt. Die Darstellung als Kombination von Atomorbitalen übersieht häufig, dass Elektronenwechselwirkungen Korrelations- und Austauscheffekte nicht einfach additiv sind, sondern sich komplex gegenseitig beeinflussen und so zu unerwarteten Phänomenen führen können. Das trifft etwa auf Moleküle mit offenen Schalen oder Übergangsmetallkomplexe zu, deren elektronische Struktur stark delokalisiert und verschränkt ist. Solche Verschlingungen zeigen sich besonders unter Bedingungen hoher Druckbelastung oder in extremen elektrischen Feldern; dadurch kann die Energielandschaft der Orbitale so verzerrt werden, dass Bindungsverhältnisse nicht mehr intuitiv erklärbar sind. Manchmal entstehen dann sogenannte nichtadiabatische Kopplungen zwischen elektronischen Zuständen, welche den Grundsatz infrage stellen, Bewegungen der Kerne und Elektronen getrennt zu behandeln eine Vereinfachung, die Lehrbücher oft ignorieren. Dadurch werden reaktive Zwischenstufen oder Übergangszustände in katalytischen Prozessen häufig nicht ausreichend durch Standard-MO-Theorien erfasst. Ein weiteres Beispiel ist das Verhalten von Radikalen bei tiefen Temperaturen um 50 Kelvin; hier dominieren Spin-Spinkopplungen und quantenmechanische Tunnelprozesse die Dynamik der Elektronenverteilung in molekularen Orbitalen und führen zu Abweichungen von erwarteten Reaktivitäten. Die Wechselwirkung zwischen Elektronenspin und Bahndrehimpuls (Spin-Bahn-Kopplung) kann ebenfalls subtile Effekte erzeugen beispielsweise in schweren Elementen oder bei Molekülen mit hoher Symmetrie , was das Bild einer rein elektrostatistischen Wechselwirkung unzureichend macht. Diese Phänomene erfordern eine Behandlung jenseits der üblichen MO-Methoden; dennoch beschränken sich viele Lehrbücher auf vereinfachte Modelle ohne diesen Vorbehalt explizit zu vermerken.
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